澳門檔案館是根據1952年6月28日所頒布的第五號海外部立法條例設立，當時的名稱為澳門總檔案館，隸屬民政總局。1979年轉屬教育廳，改名歷史檔案館，並正式運作。1986年撥歸澳門文化學會（文化局前身）管轄至今。2016年更名為澳門檔案館。

澳門檔案館是澳門地區總檔案館，主要職責是收集、整理、保管及保護本地區具有歷史價值的檔案資源，並供社會大眾利用。現時，館內有檔案六萬餘案卷、圖像七萬多幅、書刊資料一萬餘冊，其載體以紙質為主。館藏最早的檔案，可追溯至1630年。

檔案館除接收政府部門移交的檔案，亦接收社團及個人所捐贈的檔案。澳門檔案館網站已開通在線查閱館藏檔案目錄及檔案文獻全文影像服務。