澳門檔案館是根據1952年6月28日所頒布的第五號海外部立法條例設立，當時的名稱為澳門總檔案館，隸屬民政總局。1979年轉屬教育廳，改名歷史檔案館，並正式運作。1986年撥歸澳門文化學會（文化局前身）管轄至今。2016年更名為澳門檔案館。

澳門檔案館是澳門特區政府文化局的從屬機構，主要職責是收集、整理、保管及保護本地區具歷史價值的檔案資源，並供社會大眾利用。現時，館內有檔案70,000 餘案卷、圖像70,000 多幅、書刊資料6,000 多種，其載體以紙質為主，還包括相片、幻燈片、音像磁帶、光碟和實物等。此外，檔案語種以葡萄牙語居多；而館藏最早的檔案，可追溯至1630 年。

檔案館除接收政府部門移交的檔案，亦接收社團及個人所捐贈的檔案。澳門檔案館網站已開通在線查閱館藏檔案目錄及檔案文獻全文影像服務。